El apellido Aguilera se clasifica como toponímico y se le adjudican diversas cunas nobiliarias ancladas en distintos lugares relacionados con el inicio de la Reconquista. También se le atribuye una posible vinculación enlazada con casas nobles venidas desde Alemania en ayuda del rey Don Pelayo en su epopeya contra las huestes musulmanas.
Las primeras referencias históricas bien contrastadas del apellido las encontramos en las crónicas de Alfonso II El Casto en las que se relata que un caballero de nombre Alonso de Aguilera, descendiente directo de Don Pelayo, sirvió en el siglo IX al rey de León.
Según el Cronista Antonio de Barahona, proviene del solar que hubo desde tiempos inmemoriales en las montañas de Trasmiera de Cantabria, que podría considerarse como casa generadora de todas las que se fundaron a lo largo de la Historia.
Según este investigador, miembros de ese solar crearon casa en la ciudad de Soria. Después se asentó en Valtueña, y más tarde en Medinaceli. Otro caballero llamado Gil de Aguilera fue favorecido por el Rey Sancho IV, en el año 1290 con el Señorío de Aguilera, junto a Berlanga de Duero, construyendo el castillo original del que aún se conservan vestigios.
Casas nobiliarias del mismo apellido se asentaron en Salamanca, Jaén, Córdoba y otras muchas ciudades españolas y sudamericanas.
En España actualmente lo tienen 64.000 personas, habiendo 11.700 en Barcelona y 6.600 en Madrid. Es muy abundante en casi todas las capitales andaluzas: 7.000 en Córdoba, 5.300 en Granada, 4.900 en Málaga y 3.800 en Sevilla, por no hacer más larga la relación.
En Soria llevan el apellido Aguilera 291 personas, que no son pocas, sobre todo si consideramos que provenían de nuestra tierra muchos de los caballeros que participaron en la conquista de las principales ciudades del sur de la península en las que, como vemos, se perpetúa el apellido.
El atributo fundacional es el águila heráldica, en torno a la que se construyen otros argumentos emblemáticos complementarios.
Las armas del solar de Cantabria, que podemos suponer como cuna del linaje, eran: En campo de oro, un águila de sable, coronada de lo mismo.Son las mismas que ostenta el escudo del apellido en Berlanga.
La casa soriana de Valtueña y la burgalesa de Aranda de Duero, tienen como armas: En campo de plata, un águila de sable coronada de oro y bordura de gules con ocho sotueres de oro.
Los de la casa solar de Soria y algunos de Aragón tienen: Escudo de oro con un águila de sable membrada de gules.